Güneşteki koyu renkli bölgelere "Güneş lekeleri" denir. Bu bölgeler, Güneş yüzeyindeki manyetik alanın belli bölgelerde yoğunlaşması sonucunda oluşur. Güneş lekeleri çevrelerine göre daha soğuk oldukları için koyu renk görünürler. Güneşin yüzeyi yaklaşık 5.500 santigrat derece sıcaklıkta iken, Güneş lekeleri 3.000 – 4.000 derece arasında bir sıcaklığa sahip olabilirler.

Güneş lekeleri oluşma nedeni manyetik aktivitedir. Manyetik alanın belli bölgelerde yoğunlaşması, ısının eşit bir şekilde yayılmasını engeller. Bu durumda çevresindeki ışık küreye göre daha düşük yüzey sıcaklığına sahip Güneş lekeleri dediğimiz bölgeler oluşur. Genellikle bu lekeler çiftler halinde görünür ve her biri birbirinin zıt manyetik kutuplarıdır.

Güneşin üzerindeki siyah lekeler de Güneş lekeleridir. Bu lekeler Güneş'in fotosfer tabakasında geçici olarak gözlemlenen olgulardır. Güneşin manyetik aktivitesi nedeniyle bazı noktalarda sıcaklık azalır ve bu soğuk bölgeler siyah olarak görünür. Ancak unutulmamalıdır ki bu siyah lekeler aslında çok yüksek sıcaklıklara sahip olabilirler.

Güneş lekelerini ilk gözlemleyen kişi Galileo'dur. Galileo, Güneş'i de gözlemleyerek güneş üzerinde bulunan gölgelerin lekeler olduğunu kanıtlamıştır. Güneş lekelerinin ne Merkür'ün güneşin önünden geçerken oluşan gölgesi ne de güneş ve dünya arasında bulunan küçük gökcisimlerine ait olmadığını ortaya koymuştur.

Güneş lekeleri için bazı doğal çözümler şunlardır: limon suyu, elma sirkesi, süt, aloe vera, yeşil çay gibi malzemelerle yapılan maskeler güneş lekelerinin görünümünü azaltmaya yardımcı olabilir.

Gözlemlerimizde Güneş'in fotosfer yani ışık küresi denilen katmanını görürüz. Bu katman Güneş'in yüzeyinin başladığı ve 500 km yüksekliğe kadar devam ettiği bölümdür. Güneş yüzeyi gazlardan oluşur ve sıcaklığı 5840K'dir. Fotosfer, optik olarak gördüğümüz ve yıldızları sınıflandırdığımız önemli bir katmandır.