Karanlık mağaralarda yaşayan hayvanlar genellikle trogloksen ve troglofil olmak üzere iki gruba ayrılır. Trogloksen canlılara örnek olarak yarasalar, ayılar, bazı kuş ve fare türleri verilebilir. Bu canlılar mağaralarda yaşamayı tercih ederler ve çoğunlukla gece etkinlik gösterirler. Örneğin, yarasalar gündüzleri mağaralarda konaklarlar ve gece avlanmak için dışarıya çıkarlar. Ayılar da barınma ihtiyaçlarını karşılamak için mağaraları tercih edebilirler. Troglofil canlılara ise örümcekler, böcekler ve amfibiler örnek olarak verilebilir. Bu canlılar mağaraları ziyaret edebilirler ancak sürekli olarak yaşamazlar.

Mağaraların oluşumu genellikle içinde suların akabileceği çatlak veya yarık sistemlerinin bulunmasıyla başlar. Yüzeydeki bitki, toprak ve kayaçlardan süzülen suyun içindeki karbondioksit miktarının mağara havasındakinden fazla olması, mağara oluşumunu etkileyen bir faktördür. Oluşan mağaralar genellikle kireçtaşı, dolomit, jips gibi kayaların su tarafından aşındırılması sonucunda ortaya çıkar.

Buz mağaraları da farklı bir oluşum sürecine sahiptir. Örneğin, Ağrı'daki bazalt lavlar ve saf suların donmasıyla oluşan buz tabakalarıyla meydana gelen buz mağaraları bulunmaktadır. Buz mağaraları genellikle hava akımlarının etkisiyle damlayan suların donarak buz oluşturmasıyla meydana gelir.

Türkiye'nin en büyük mağarası olarak kabul edilen Karain Mağarası, Antalya'nın Yağca Köyü sınırları içinde yer alır ve deniz seviyesinden yaklaşık 450 metre yüksektedir.

En çok mağaranın bulunduğu bölge ise genellikle Batı Karadeniz Bölgesi olarak bilinir. Zonguldak, Sakarya, Düzce, Karabük ve Bartın gibi illerde yeraltı dereleri, göller ve uzun mağaralar bulunmaktadır.

Mağara turizmi ise Türkiye'de özellikle karstik alanlar olarak bilinen Batı ve Orta Toros Dağları'nda yoğunlaşmaktadır. Muğla, Antalya, Isparta, Burdur, Konya, Karaman, Mersin ve Adana gibi iller, mağara oluşumları bakımından zengin bölgelerdir ve mağara turizmi için popüler destinasyonlardır. Mağaraların jeolojik ve jeomorfolojik nitelikleri nedeniyle turizm açısından büyük önem taşırlar.