Nehir ekosistemi, akan sulardan oluşan ve bitkiler, hayvanlar, mikroorganizmalar arasındaki canlı etkileşimleri, aynı zamanda cansız etkileşimleri de içeren bir ekosistemdir. Nehirler, bölgeden bölgeye değişebilir ve çeşitli bitki ve hayvan türlerine ev sahipliği yaparlar. Akış hızı, su derinliği, besin kaynakları gibi faktörler nehir ekosistemlerinin çeşitliliğini etkiler.

Ekosistem tanımı; belli bir bölgede yaşayan canlılar ile cansız çevrelerinin oluşturduğu bütündür. Yani canlı ve cansız unsurların etkileşim içinde olduğu dinamik bir sistemdir.

Su ekosistemlerinin özellikleri; denizel su ekosistemlerinin en büyüğünü okyanuslar oluşturur. Okyanuslar, bitki ve hayvan türü bakımından zengindir ve genellikle 0-200 metre derinlik aralığında yoğun canlı yaşamına sahiptir.

Su ekosistemlerinde biyoçeşitlilik, akarsuların akış hızının azaldığı, bulanık olmayan alanlarda daha fazladır. Bu alanlarda yaşayan canlılar arasında balıklar önemli bir role sahiptir. Akarsuların kaynak kesimlerinde, yüksek akış hızına sahip olduğu için bazı böcek türleri ve alabalıklar gibi canlılar bulunur.

Ekosistem, belirli bir alanda bulunan canlılar ile çevrelerinin karşılıklı ilişkilerinden oluşan ve sürekli bir şekilde devam eden ekolojik sistemlerdir. Besin ağları da ekosistemlerin önemli bir parçasıdır.

Su ekosisteminde yaşayan canlılar arasında tatlı su gölleri ve bataklıklarda planktonlar, balıklar, kuşlar, böcekler gibi birçok tür bulunabilir. Denizel su ekosistemleri, özellikle okyanuslar, bitki ve hayvan türleri açısından oldukça zengin ekosistemlerdir.

Su ekosistemindeki en fazla biyoçeşitliliğin olduğu ortam genellikle denizel su ekosistemleridir, özellikle okyanuslar geniş bitki ve hayvan türlerine ev sahipliği yapar ve biyoçeşitlilik açısından zengindir.