What is RNA-Seq and how does it work?

What is RNA-Seq and how does it work?​

In addition to polyadenylated messenger RNA (mRNA) transcripts, RNA-Seq can be applied to investigate different populations of RNA, including total RNA, pre-mRNA, and noncoding RNA, such as microRNA and long ncRNA. This article provides an introduction to RNA-Seq methods, including applications, experimental design, and technical challenges.

How can ont direct RNA-Seq be used for differential expression?​

How can ont direct RNA-Seq be used for differential expression?
Recent uses of ONT direct RNA-Seq for differential expression in human cell populations have demonstrated that this technology can overcome many limitations of short and long cDNA sequencing. Standard methods such as microarrays and standard bulk RNA-Seq analysis analyze the expression of RNAs from large populations of cells.

Which RNA-seq method has the highest error rate?​

Which RNA-seq method has the highest error rate?
Traditionally, single-molecule RNA-Seq methods have higher error rates compared to short-read sequencing, but newer methods like ONT direct RNA-Seq limit errors by avoiding fragmentation and cDNA conversion.

What are the experimental design considerations for RNA sequencing?​

Common experimental design considerations include deciding on the sequencing length, sequencing depth, use of single versus paired-end sequencing, number of replicates, multiplexing, randomization, and spike-ins. When sequencing RNA other than mRNA, the library preparation is modified.

How can I check the integrity of total RNA?​

How can I check the integrity of total RNA?
The integrity and size distribution of total RNA can be checked by electrophoresis on a denaturing agarose gel and staining with ethidium bromide. The ribosomal RNA bands should appear as sharp bands on the stained gel.

What should be the rin value of RNA for RNA sequencing?​

What should be the rin value of RNA for RNA sequencing?
The RNA sample should have a RIN value higher than 7. The integrity and size distribution of total RNA can be checked by electrophoresis on a denaturing agarose gel and staining with ethidium bromide. The ribosomal RNA bands should appear as sharp bands on the stained gel.

What are the different methods for differential gene expression analysis from RNA-Seq?​

With the increasing popularity of RNA-Seq technology, many softwares and pipelines were developed for differential gene expression analysis from these data. The methods for differential gene expression analysis from RNA-Seq can be grouped into two main subsets: parametric and non-parametric.

RNA-Seq nedir ve nasıl çalışır?

RNA-Seq, poliadenillenmiş mesajcı RNA (mRNA) transkriptlerinin yanı sıra total RNA, pre-mRNA ve mikroRNA gibi noncoding RNA popülasyonlarını araştırmak için uygulanabilen bir tekniktir. Bu makale, RNA-Seq yöntemleri hakkında bir giriş sunmakta ve uygulamaları, deneysel tasarımı ve teknik zorlukları ele almaktadır.

Ont doğrudan RNA-Seq nasıl differansiyel ekspresyon için kullanılabilir?

ONT doğrudan RNA-Seq'in insan hücre popülasyonlarındaki differansiyel ekspresyon için kullanımı, bu teknolojinin kısa ve uzun cDNA dizilimlerinin birçok kısıtlamasını aşabileceğini göstermektedir. Standart yöntemler olan mikroarray'ler ve standart bulk RNA-Seq analizi, büyük hücre popülasyonlarından gelen RNA'ların ekspresyonunu analiz eder.

Hangi RNA-Seq yönteminin en yüksek hata oranına sahip olduğu?

Geleneksel olarak, tek molekül RNA-Seq yöntemleri, kısa okuma dizilimlemeye kıyasla daha yüksek hata oranlarına sahip olabilir, ancak ONT doğrudan RNA-Seq gibi yeni yöntemler hataları parçalanmayı ve cDNA dönüşümünü önleyerek sınırlar.

RNA dizilemede deneysel tasarım düşünceleri nelerdir?

Yaygın deneysel tasarım düşünceleri, dizileme uzunluğunu belirleme, dizileme derinliği, tek veya çift uçlu dizileme kullanımı, replikat sayısı, multiplexing, rastgeleleştirme ve spike-in'leri içerir. mRNA dışındaki RNA'ların dizilenmesi durumunda kütüphane hazırlığı değiştirilir.

Toplam RNA'nın bütünlüğünü nasıl kontrol edebilirim?

Toplam RNA'nın bütünlüğü ve büyüklük dağılımını, denatüre edici bir agaroz jel elektroforezi ve etidyum bromür ile boyama yöntemi ile kontrol edebilirsiniz. Ribozomal RNA bantları, boyanmış jel üzerinde keskin bantlar olarak görünmelidir.

RNA dizileme için RNA'in RIN değeri ne olmalıdır?

RNA örneğinin RIN değeri, 7'den yüksek olmalıdır. Toplam RNA'nın bütünlüğü ve büyüklük dağılımı, denatüre edici bir agaroz jel elektroforezi ve etidyum bromür ile boyama yöntemi ile kontrol edilebilir. Ribozomal RNA bantları, boyanmış jel üzerinde keskin bantlar olarak görünmelidir.

RNA-Seq'den gen ifadesi analizi için farklı yöntemler nelerdir?

RNA-Seq teknolojisinin popülerliğinin artmasıyla, bu verilerden gen ifadesi analizi yapmak için birçok yazılım ve pipeline geliştirilmiştir. RNA-Seq'den gen ifadesi analizi için yöntemler, parametrik ve parametrik olmayan olmak üzere iki ana gruba ayrılabilir.