Darwin ve ilk taraftarları için yeni alellerin ortaya çıkması, evrim teorisinin önemli bir parçasıdır. Darwin, doğal seçilimin canlı türlerinin zamanla değişimini sağlayan ana mekanizma olduğunu öne sürmüştür. Yeni aleller, genetik mutasyonlar gibi mekanizmalarla ortaya çıkabilir ve türlerin çeşitliliğine katkıda bulunabilirler.
Darwin ve takipçileri, canlıların kompleks organlarının evrimini açıklarken doğal seçilimin yanı sıra ufak varyantların bir araya gelmesinin ve zaman içinde birikiminin önemine vurgu yapmışlardır. Örneğin, göz gibi karmaşık bir organın evrimi, basit fotosensitif hücrelerin zamanla daha karmaşık yapılar haline gelmesiyle açıklanabilir.
Geçmişte Darwin'in evrim teorisiyle ilgili eksiklikleri olabilir ancak günümüzde modern genetik bilimi ve fosil kayıtları sayesinde evrim süreci daha iyi anlaşılmıştır. Evrim, canlıların çeşitliliği ve uyum yeteneklerinin temelini oluşturan bir doğal süreçtir.