Istiklal Mahkemeleri, 6 Nisan 1925 tarihinde Diyarbakır'da Şeyh Said İsyanı sonrasında kurulmuştur. Bu mahkemeler, hilafet ve saltanat karşıtı, kılık kıyafet ve şapka kanunu reddeden, Cumhuriyetin ilanını eleştiren kişileri yargılamak amacıyla İstanbul ve Ankara'da kurulmuştur.

Istiklal Mahkemeleri, Türkiye Büyük Millet Meclisi tarafından 2 Mart 1927 tarihinde kabul edilen Takrîr-i Sükûn Kanunu'nun 4 Mart 1929 tarihine kadar yürürlükte kalması kararıyla ilk defa kapatılmıştır. Daha sonra ise 4 Mayıs 1949 tarihinde 5384 sayılı kanunla resmen yürürlükten kaldırılmıştır.

Istiklal Mahkemeleri, Fransız Devrim Mahkemeleri'nden örnek alınarak oluşturulmuştur. Fransız Devrim Mahkemeleri, 1793'te resmen bu adı almış ve Danton'un teklifiyle kurulmuştur.

Istiklal Mahkemeleri, Şeyh Said İsyanı sırasında Diyarbakır'da hangi partinin isyan bölgesindeki şubelerini kapattığı sorusuyla ilgili detaylar verilmemiş.

Istiklal Mahkemelerinde asılan kişiler arasında bazı isyan ve karşıtlık hareketlerine dahil olanlar yer almaktadır. Örneğin, Konya'da üç gün içinde 805 kişi idam edilmiştir.

Mustafa Kemal'in kişisel olarak kaç kişinin asılmasına direkt olarak emir verdiği veya bu tarz bir bilginin doğruluğuna dair kesin veriler bulunmamaktadır. Atatürk döneminde idam edilen kişi sayısının 1600 olduğu bilgisi de doğrulanmış bir veri değildir.

Istiklal Mahkemeleri, Kurtuluş Savaşı döneminde ayaklanma çıkaran, yağma yapan, orduya zarar veren, casusluk yapan, asker kaçakları ve Milli Mücadeleyi engellemeye çalışan kişileri yargılamak için kurulmuştur. Bu mahkemeler özel yetkilerle donatılmış ve ulusal bağımsızlığa yönelik tehditlerle etkin bir şekilde mücadele etmişlerdir.